A melhor forma de exportar um modelo 3D PLY é utilizar o exportador integrado do seu software 3D. Ferramentas como o Blender, MeshLab ou AutoCAD suportam PLY através do menu "Ficheiro".
Selecione o seu modelo, vá para "Exportar", escolha "PLY" como formato e ajuste as configurações.
Para iniciantes, o Blender (gratuito) é simples: abra o seu modelo, vá para "Ficheiro" > "Exportar" > "Stanford (.ply)", marque "Apenas seleção" se estiver a exportar um objeto, e guarde. Funciona para a maioria dos casos de utilização.